1983: Beginn im Rupertinum
Das Museum der Moderne Salzburg wurde mit der „Schenkung Welz“, einer Sammlung moderner Druckgrafik, begründet und 1983 im frühbarocken Palais des ehemaligen Priesterseminars „Collegium Rupertinum“ in der Altstadt von Salzburg als „Moderne Galerie und Graphische Sammlung – Rupertinum“ eröffnet. Gründungsdirektor Otto Breicha (1983–1998) erweiterte die Sammlung durch Ankäufe österreichischer Fotografie. In diesem als „österreichische Fotogalerie“ bezeichneten Sammlungsteil werden auch Bestände des Bundes verwaltet. Unter der Leitung von Direktor Peter Weiermair (1998–2001) wurde das Programm des Rupertinum stärker international ausgerichtet.
2004: Neubau auf dem Mönchsberg
In den 1990er-Jahren wurden spektakuläre Pläne für ein Guggenheim Museum Salzburg im Felsen des Mönchsbergs entwickelt, die aber letztlich nicht realisiert wurden. Schließlich wurde auf dem Mönchsberg, wo zuvor das Café Winkler ansässig war, ein Neubau für ein „Museum der Moderne“ errichtet. Im Jahre 2004 wurde unter Direktorin Agnes Husslein (2000–2005) das Museum der Moderne auf dem Mönchsberg eröffnet. In den 2000er-Jahren wurde das Ausstellungsprogramm des Haus stärker an die zeitgenössische Kunst herangeführt. Unter Direktor Toni Stooss (2005–2013) wurde unter anderem ein prominentes Gemälde von Gustav Klimt an die Familie der rechtmäßigen Eigentümerin restituiert. Mit einem Teil des Verkaufserlöses, der von Georges Jorisch (1928 Wien – 2012 Quebec) großzügig gespendet wurde, konnte der ehemalige Wasserturm am Mönchsberg ausgebaut werden. Seit 2014 wird das in Gedenken an Georges Jorischs Großmutter fortan als „Amalie-Redlich-Turm“ bezeichnete signifikante Gebäude als Zentrum für Kunstvermittlung mit einer Künstlerstudio-Wohnung betrieben.
2014: Die Sammlung Generali Foundation kommt als Dauerleihgabe ans Haus
Unter der Direktion von Sabine Breitwieser (2013–2018) erfolgte eine Neuprofilierung des Museums. Große Einzelausstellungen wurden bedeutenden Künstlerinnen gewidmet und nicht-westliche Künstler_innen fanden Eingang in das Programm. Im Jahr 2014 konnte eine umfassende Partnerschaft mit der Generali Foundation eingegangen und deren internationale und hochkarätige Sammlung als Dauerleihgabe gewonnen werden. Mit der Teilrenovierung des Rupertinum 2016 und der Errichtung des neuen Kunstdepots 2017 wurden wichtige Verbesserungen der Infrastruktur des Museums realisiert.
2018–2022: umfassende Erneuerungen und Repositionierung
Von September 2018 bis September 2022 leitete Thorsten Sadowsky das Museum der Moderne Salzburg. Es wurden eine Vision und Mission für das Museum entwickelt und ein Wertekanon für das gesamte Museumsteam verabschiedet. Umfangreiche Sanierungsmaßnahmen und die Ertüchtigung der verschiedenen Museumsgebäude nach den internationalen Standards für Barrierefreiheit konnten realisiert werden. Das Museum verstand und versteht sich als ein Diskussionsforum, das seine Legitimation aus einer kritischen Verortung von Vergangenheit und Gegenwart bezieht. Es wurde im Sinne eines umfassenden bildwissenschaftlichen Begriffs als internationales Kompetenzzentrum für Kunst, Fotografie und visuelle Kulturen neu positioniert. Dabei wurde und wird der prinzipielle Anspruch erhoben, das zeitgenössische Kunstgeschehen zu reflektieren und aktuelle und gesellschaftlich relevante Themen zu diskutieren. Auf der Agenda standen insbesondere die kritische Aufarbeitung des Postkolonialismus und eine Neukartierung der Welt mit den Mitteln der Kunst.
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